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分子动力学模拟（MD模拟）是一种通过数值方法研究原子和分子体系随时间演化的计算技术。其核心基于经典力学或量子力学原理，通过求解牛顿运动方程，模拟粒子在势能场中的相互作用与运动轨迹。MD模拟可揭示微观尺度动态过程，如蛋白质折叠、材料相变或流体行为，并计算热力学、结构及动力学性质。模拟需设定力场参数、初始条件与积分算法（如Verlet），时间步长通常为飞秒量级。结合统计力学，MD能够关联微观运动与宏观观测，广泛应用于化学、生物、材料科学及药物设计等领域，为实验提供理论补充与分子级机理洞察。
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